gitでコミットしてみたら、全行が変更対象になっていて大変なことに。
変更箇所は1行なんだけど、と思っていたら、改行コードの自動置換が原因でした。

eclipseの設定で変更
「ウィンドウ」-「設定」-「チーム」-「Git」-「構成」
core-autocrlfの設定を、falseに変更。

どうもWindows用設定として、改行を勝手に全てCRLFに置換する、という内容が動くらしい。

参考:
http://qiita.com/yokoh9/items/1ec8099696ade0c1f36e