perlで頑張って、1カラム目だけゼロ埋めして、あとはそのまま

cat data.txt | perl -ne 'split(/\t/,$_,2); if ($_[0] ne "") {printf
"%06s\t%s",$_[0],$_[1]} else { printf $_ }'

タブ区切りのデータで、1カラム目だけゼロ埋め。
あとは可変なので行く付かるか分からない、というデータの時に、splitの第三引数を使って分割。
1カラム目、2カラム目以降に分けることで、データ上は$_[1]に2カラム目以降が全部入る。

最初はcutとpasteを組み合わせてやろうと思ったけど、perlだけで出来たので、この方がシンプル。